每当月经来潮，流浪的内膜组织也开始脱落出血，就会引起疼痛，这属于继发性痛经的一种类型。如果内膜组织正好流浪到神经上面，这种疼痛更加明显。严重的情况下，非经期就会有下腹痛。
如果盆腔中有较多的流浪内膜组织，可能会形成较明显的粘连，一旦发生性生活，就可能出现下腹痛，称为性交痛。
粘连明显的话，还会连累到输卵管，导致输卵管扭曲不通；如果卵巢表面形成粘连，可能排不出卵子；巧克力囊肿也会破坏卵巢功能；同时流浪的内膜组织还会产生很多炎性因子，这些都是会影响到怀孕的，导致不孕或者宫外孕。
所以，痛经、性交痛和不孕是盆腔子宫内膜异位症的三大主要症状。